Seongnam Ilhwa Chunma

Năm 2009, Shin bắt đầu sự nghiệp huấn luyện tại CLB Seongnam Ilhwa Chunma với tư cách là huấn luyện viên tạm quyền và góp công lớn giúp cho đội bóng này kết thúc mùa giải K League cùng Cúp FA Hàn Quốc 2009 với vị trí á quân. Shin sau đó được thăng chức, trở thành huấn luyện viên chính thức của đội và sang đến mùa giải năm sau, ông đã ngay lập tức giành thêm 2 chức vô địch AFC Champions League 2010 và Cúp FA Hàn Quốc 2011, thành tích giúp cho Shin trở thành vị huấn luyện viên đầu tiên vô địch AFC Champions League trên cả hai cương vị cầu thủ và huấn luyện viên.

Hàn Quốc

Vào tháng 8 năm 2014, Shin trở thành trợ lý huấn luyện viên của đội tuyển quốc gia Hàn Quốc. Dưới thời Shin, Hàn Quốc đã lọt vào trận chung kết AFC Asian Cup lần đầu tiên sau 27 năm. Người quản lý của tuyển Hàn Quốc vào thời điểm đó là Uli Stielike, nhưng vai trò trên thực tế - người phụ trách chiến thuật và huấn luyện cho cả đội là do Shin đảm nhận.

Ngoài tuyển quốc gia, Shin tiếp tục đồng thời quản lý thêm cả đội tuyển U-23 Hàn Quốc giúp đội về nhì tại Giải vô địch bóng đá U-23 châu Á 2016 khi thua Nhật Bản 2-3 tại chung kết, qua đó giành vé tham gia Thế vận hội mùa hè 2016, dưới sự dẫn dắt của ông, đội giành quyền đi tiếp trong một bảng đấu được đánh giá là tương đối khó khăn khi có được 7 điểm trước Đức, Mexico và Fiji nhưng rồi họ dừng bước ở vòng tứ kết khi thua 0-1 trước Honduras.

Vào ngày 22 tháng 11 năm 2016, Shin được bổ nhiệm làm HLV trưởng của đội chủ nhà U-20 Hàn Quốc chuẩn bị cho FIFA U-20 World Cup 2017 trên sân nhà. Vì vậy, Shin rời đội tuyển quốc gia để tập trung cho đội U-20. Tại World Cup U-20, Hàn Quốc đứng nhì bảng với 6 điểm, tiến vào vòng loại trực tiếp 1/16 nhưng để thua trước Bồ Đào Nha.

Sau khi Shin rời đội tuyển Hàn Quốc, Stielike đạt kết quả không tốt ở vòng loại FIFA World Cup 2018 và cuối cùng bị Liên đoàn bóng đá Hàn Quốc sa thải. Vào ngày 4 tháng 7 năm 2017, Shin được gọi quay trở lại để thay thế cho Stielike. Sang tháng 12, ông dẫn dắt đội tuyển Hàn Quốc giành chức vô địch Giải bóng đá EAFF E-1 2017. Hàn Quốc sau đó cũng nhanh chóng giành quyền tham dự FIFA World Cup 2018 tại Nga. Ở vòng bảng World Cup 2018, tuyển Hàn Quốc đối đầu với các đội: Thụy Điển, Mexico và Đức. Hàn Quốc thua Thụy Điển 0-1 trong trận đầu tiên, 1-2 trước Mexico trong trận kế tiếp. Tuy nhiên, trong trận đấu cuối cùng, Hàn Quốc đánh bại Đức với tỷ số 2-0 và đồng thời trực tiếp loại tuyển Đức khỏi vòng bảng World Cup lần đầu tiên sau 80 năm.[5]

Indonesia

Vào ngày 28 tháng 12 năm 2019, Liên đoàn bóng đá Indonesia (PSSI) xác nhận việc bổ nhiệm Shin làm HLV trưởng của Đội tuyển bóng đá quốc gia Indonesia với hợp đồng 4 năm thay thế cho Simon McMenemy.[6]